大選決戰的金馬前線，因為長期的戰備狀況，成為泛藍陣營的鐵票倉，泛藍在金馬地區拿下接近9成4的票數，而扁呂在金馬分別拿下1701票和248票，都比4年前的得票率大幅成長。
4點20分，金門縣人口只有266人的烏坵鄉，成為全國第一個完成開票作業的地區，金門其他5個鄉鎮市也在投票截止近2小時後，陸續完成開票作業，泛藍陣營一如預期，拿下93.95%的高得票率，綠軍慘澹只有不到6%的得票率，只有1701票，全縣投票率64.39%。
而在外島馬祖也在下午五點26分完成開票，全縣的投票人數為4425人，投票率為65.68%。泛藍得票4060票，而扁呂在上一屆大選時，在馬祖只拿下58票，這一屆有248票，成長4倍以上，地方各界大感驚訝。
而金馬地區在選後仍舊保持全日戰備執勤，各級部隊全天候待命。
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