陳總統連任成功，連宋提出大選訴訟，各國賀電因此抱持觀望，行政院晚間緊急對國際媒體說明，強調大選訴訟，不會影響520陳呂就職，如果部份選票有爭議，那些地區將重新投票。政府指出，啟動國安機制，只有1萬3千多人無法投票，並非20萬人，而這個數目，也不至於讓大選結果翻盤。
陳呂配險勝連宋配，各國媒體鎖定的提問焦點，全都是政府何時解決驗票爭議。日本朝日電視台記者︰「有沒有可能在520就職之前，驗票工作還沒完成，導致520就職典禮無法舉行？」
法規會主委林美玲︰「中間即便有大選訴訟，在520之後，就任的職務也不受影響，如果驗票結果認定選舉結果全部無效的話，依照選罷法規定，要重新選舉，如果局部選票無效，那部份無票，同樣重新投票。如果確定當選無效，(扁呂)已經就職的話，就從判決確定當天開始，解除正副總統職務，只不過這樣的無效判決，也不影響就職後所做的職務。」
搶在連宋訴諸國際媒體前，行政院的中外記者會，以法規，司法，政務多方面，澄清消毒。行政院發言人林佳龍︰「傳言有20萬的國軍，因為啟動國安機制而沒去投票，這是一個謠言，這是反對黨提出來的指控，但是事實上，國安機制的啟動跟請假人數完全沒有關係，都是維持在13000人，這個是做重點的戰備提升的需要，13000人是我們國家安全的需要，並不改變選舉的結果，這是相當清楚的。」
