中南部災情嚴重，衛生署疾病管制局提出警訊，災區未來一星期可能發生腸胃道、外傷細菌性感染、皮膚病、上呼吸道症狀等傳染病，另外中南部登革熱疫情拉警報，疾管局已經啟動監測系統。
暑假原本就是登革熱疫情高峰期，加上中南部水災，災後一個星期大雨過後天氣放晴，氣溫升高蚊蟲加速滋生，因此疾管局監測登革熱病媒蚊指數系統，密度越高級數越多。
台南縣和高雄縣達5級以上，拉起警報；4級的包括高雄、台北縣、宜蘭、嘉義和屏東；而苗栗、台中、彰化、雲林、新竹都有3級；至於台北市、南投縣、台東都是2級。
雖然蚊蟲多，疾管局表示SARS之後入出境體溫監測達到效果，國內到目前為止還好都沒有本土病例，疾管局反而擔心這次水災，腸胃道傳染病和外傷衍發成蜂窩性組織炎等疾病蔓延災區。疾管局檢疫防疫組長吳炳輝：「民眾在這段期間要特別注意飲食衛生的問題，要吃東西之前要洗手，飲用水最好煮沸，如果無法煮沸的話最好喝瓶裝罐裝水。」
疾管局提醒，水災結束後1、2個星期，受到陽光曝曬，氣溫升高，各種病媒蚊蠢蠢欲動，最好要把周遭積水清除乾淨，而環保局也會配合環境噴藥，減少蚊蟲滋生。
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