國家衛生研究院院長吳成文遭到質疑領兩份薪水，每個月將近100萬！吳成文透過幕僚澄清，並沒有支領中研院的退休俸，只有領國衛院每個月61萬6980元的院長薪水，由董事會比照中研院特聘研究員等級發放，一切符合規定，不過監察院已經提出糾正。
國家衛生研究院院長吳成文真的月領百萬薪水嗎？吳成文本人沒有出面，透過國衛院幕僚澄清，絕無此事。國衛院主秘于重元：「吳成文院長並沒有支領任何月退俸，他只有支領國家衛生研究院目前的特聘研究員兼院長薪水，61萬6980元。」
國衛院表示，吳成文在民國85年從中研院生醫所轉任國衛院院長，沒有領中研院的月退俸，只有國衛院院長的薪水，每個月61萬6980元，包括本俸7萬、研究獎助27萬和不開業獎金8萬，還有生活補助7500元等，而且整整9年沒有調薪。
不過每個月將近62萬元的薪水，比陳水扁總統的每個月44萬8千塊相比高了將近20萬，更是中研院長李遠哲的2倍多，監察院還是針對主管單位衛生署，提出糾正案。監察委員黃守高：「行政院衛生署他有一個監督衛生財團法人的準則，這個準則是在77年糾正最後做的修正，但是國衛院是在85年成立，所以我們的衛生署根本就沒有一個相當的規範。」
監察院還經針對財團法人的薪資結構，針對行政院提出糾正。
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