國親陣營3月29號正式提告陳水扁、呂秀蓮當選無效，主張全面驗票，史上頭一遭。不過一開始就為了誰要付錢，爭論不休，接著國親又提出只驗一號票的訴求，又該怎麼認定無效票；這一吵半個月，終於5月10日驗票開跑，律師預估，雙方差距縮小5000票，扁呂仍領先24000多票，還是贏。
霹靂小組荷槍實彈，嚴密戒備，他們要搬的是全國一共1600多萬總統選票，510首度世紀大驗票，一開始為了怎麼驗，吵翻了天，行政驗票？司法驗票？還是司法行政驗票？最後要到總統頒佈緊急命令，好不容易雙方同意，由高院法官來主持，卻又出現一個先前誰也沒想到的問題。
驗票金費預估上億，雙方推來推去，第一次開庭，雙方律師針鋒相對，國親乾脆來個對半分，只出一半錢，只驗一號票，但法官打了回票，要驗就驗全部選票，此時國親又為選舉人名冊爭論不休，這一吵又是半個月，接著上演無效票認定爭議。
中選會無效票六號圖例，國親主張圈選欄有戳記，就是有效，但法院裁定，這也可能是做記號，列為爭議，由法官認定。驗票前，高院召開驗票程序講習，只要爭議選票，一併影印編號，製作筆錄，統一交由合議庭勘驗。
國親預支6000萬求一個翻盤機會，動員多少人力物力，花費近2000萬，但結果不盡人意。國親律師團代表李復甸︰「雙方各有增長，都也有減少，連宋和扁呂差距，應該可以縮短5000票。」
也就是說，扁呂從原本領先的29000多票，變成領先24000多票，就票數上還是贏了。扁呂律師團代表顧立雄︰「當時基於兩邊的對立，全面大驗票是為回應人民期待。」
TVBS記者賀乙舜︰「驗票的最後結果，高院法官為了減少爭議，決定在當選無效宣判時，一併公布，這場歷史上、也是司法史上首度世紀大驗票，讓選務瑕疵公開攤在陽光下，接受公審，能不能化解對立，這是人民的智慧和選擇，然而你我也都將成為這歷史性一刻的見證人。」
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