正副元首的外島行程，基於安全考量，一向都被視為最高機密，不過今天卻有媒體報導，一個多月前，陳總統和呂副總統前往澎湖視察時，分別有大批共機飛近海峽中線，鎖定正副總統專機，國防部否認有這種狀況，不過呂副總統說，這不奇怪，以前都是這樣。
9月27日，中秋節前夕，陳總統前往澎湖勞軍，不過卻有媒體以頭版頭條，報導總統專機從松山空軍基地一起飛，即使嘉義空軍基地的戰機隨即起飛護航，但卻有28架次共機，從福州飛進海峽中線，陳總統的專機行程，一度延遲了15分鐘 。
而10月2日，副總統前往澎湖進行2天1夜的視察，又傳出有4架次的共機，飛近海峽中線，在安全顧慮下，專機行程又延遲了將近20分鐘對於這樣的報導，國防部立刻發出新聞稿，表示在正副總統專機航程中，絕對沒有共機在海峽中線活動，當事人之一的副總統，輕鬆看待外界傳聞 。副總統呂秀蓮：「我覺得這不奇怪(遭共機鎖定)，以前都是這樣，最近你們注意而已，我想這沒有什麼，不會影響我們的行程。」
事實上，正副總統如果有外島的視察行程，總統府和國防部，都會以最機密的規格，進行專案規劃，最擔心的就是消息提前曝光，會在航程往返途中，遭到共軍鎖定。總統陳水扁：「不管阿扁坐飛機、出國，或是從事政治活動，平安符絕對放在阿扁的口袋。」
副總統呂秀蓮：「良心就是最好的平安，對不對，我們都是從事良心事業就沒事。」
不管正副總統專機，是否真的遭到共軍鎖定，陳總統還是在星期三召開的國安高層會議中，倡議兩岸設置軍事緩衝區的建議，其實也是希望雙方，在海峽中線不小心就會擦槍走火的情勢，能夠緩和下來。
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