阿拉法特已安葬在巴勒斯坦的雷馬拉，但是阿拉法特的死因仍然成謎，外界紛紛揣測，有人猜他得了愛滋病，有人猜他得了胃病，而巴勒斯坦人更相信，阿拉法特是被以色列人下毒。
阿拉法特過逝後兩天，對於他的死因仍然眾說紛紜，一代領袖的身體狀況也成為巴勒斯坦民眾關注的焦點。
由於75歲的阿拉法特在生前最後3年幾乎都生活在被炮火摧殘的軍事總部內，因此缺乏環境衛生管理，導致年紀老邁的阿拉法特無法享有良好的生活環境，身體狀況也每下愈況。
由於阿拉法特在死前體重大量減輕，加上血小板明顯減少，腸道也被嚴重感染，根據這些症狀拼湊出眾多可能的死因，其中常被提起的就是由體重減輕推測出的愛滋病；時代雜誌網站曾經引述阿拉法特幕僚的話，說他其實患有胃癌。
另外最受矚目的原因就是阿拉法特根本就是被下毒而死的，這個說法引起眾人猜測，認為是以色列派人毒死阿拉法特，但是這個說法被以色列外長夏隆嚴正斥責。以色列民眾：「我們沒把他給殺了真是丟臉，應該要像對待其他恐怖分子一樣。」
以色列的民眾反應更是激烈，甚至有人認為他們早該手刃阿拉法特，阿拉法特真正的死亡原因，隨著他即將入土，可能就要成為這個世紀的謎題之一了。
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