教育部前發生爆炸案，有人懷疑是否與這次高中歷史綱要引發的爭議有關，爆炸當時，教育部長杜正勝還正好在部內辦公，究竟是不是衝著部長而來，一向直話直說的杜正勝，相當低調，只強調沒有受到驚嚇，也不知道爆炸和歷史綱要有沒有關係。
教育部發生爆炸案之後，部長杜正勝沉默了一個晚上，終於證實炸彈被引爆時，他人正好在教育部裡。教育部長杜正勝：「對，我在那裡，對！」
炸彈客是衝著部長而來嗎？杜正勝上午按照既定的行程，前往台大圖書館演講，沒有因為爆裂物意外，增加安全人員，顯然這枚炸彈沒有嚇倒部長，不過行政院倒是打了一通電話關切這起意外。教育部長杜正勝：「沒有，我只是聽到砰的一聲，沒有什麼，我也沒有出去看。」記者：「有人說可能跟高中歷史綱要有關係？」教育部長杜正勝：「這我不知道，我也沒辦法回答有沒有關係，因為我也不知道。」
平時有話直說的杜正勝，面對緊追不捨的媒體，異常低調，和最近高中歷史綱要引發的喧然大波，形成明顯對比，就連台大歷史系教授逯耀東批評他只是歷史學者，不是歷史學家也沒有動怒。教育部長杜正勝：「這個我不回應。」
不過教育部的氣氛卻異常凝重，許多人在休假日被召回上班，警衛也加強門禁，如果炸彈客真的是衝著高中歷史綱要而來，難保類似的事件不會再發生。
