清大和交大兩校研擬合併，掀起波瀾，5位清大的前任校長，包括毛高文、劉兆玄、沈君山、劉炯朗和李家同5人，發出一封公開信，反對兩校合併的計畫；發起人沈君山認為，兩校要合併，是因為希望政府撥款，但為了錢合併，會成為教改實驗的白老鼠。
反對清大和交大的合併計畫，前清大校長沈君山和另外4位校長聯名寫了一封致清大校長的公開信，條列清大、交大兩間學校同質性高，互補性低，卻為了爭取一年30億的政府補助款錢而打算合併，這無疑是為了錢。沈君山︰「錢重要，但不是唯一，2個男的怎麼可以結婚呢。」
沈君山也指出，要拿到補助款，得達成教育部開出的條件，就是兩校得合併成一個公法人，組成一個董事會，還有選出一個校長，才撥錢，但這太冒險。沈君山︰「目前公法人沒有法源依據，更何況政策會變，這樣會變成教改實驗的白老鼠。」
5個前任校長不贊成，學生呢？清大學生：「突然間說要合併才開始計畫，太急促了。」清大學生：「這樣好嗎？一起說成為最好的，然後不要讓台大再一枝獨秀啦！」
清大校方的態度，認為不為錢合併，但學校經費逐年降低，掉了50%預算，學生卻增加50%，錢不能說它重要，只是要不要合併，仍有討論的空間。
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