「仁愛醫院明明有空床，卻把邱小妹妹當人球」當這樣的說法在台北市議會引爆時，台北市長馬英九竟然是看了TVBS的現場報導才知道，馬市長除了立刻表達震怒，並取消晚間出訪行程，坐鎮危機處理，在記者會上馬英九還幾度哽咽，哭紅了眼。
台北市長馬英九：「我本人不是醫生，我也沒有面對過這種生死攸關的決定，真正面對專業跟現實的時候，我個人覺得標準應該看作，如果她是你的小孩，你開不開？送不送走？這就是視病如親嘛！就這麼簡單嘛！」
眼眶滿是淚水，哭紅了鼻子，台北市長馬英九經過一夜不能成眠，緊盯調查進度，加上連日來外界強大指責壓力，談起仍然跟死神搏鬥的小小生命，淚水宣洩了情緒。台北市長馬英九：「豈止是痛心而已，但是作為一個市長的來講，台北市有全國最好的醫療資源，結果就是因為A級、B級這個原因，而要把這個孩子外送，我們去跟市民交代。」
爆發邱姓女童人球第一時間，馬英九是聽廣播知道，事件演變成仁愛醫院明明可以挪出病床，卻被醫師拒絕，馬英九同樣是看了電視新聞連線才知道，究竟衛生局的訊息回報出了什麼問題？
台北市長馬英九：「我就問他，你什麼時候知道的，他說我11點就知道，我說你為什麼不告訴我，我當時是聽這樣的說法，但是我要查證，因為他當時聽到的說法，跟他兩天前跟我講的也沒有什麼很大的差別啊！」
而預計晚上出訪澳洲的行程，一早7點半踏出家門，就神情疲憊的宣布取消。台北市長馬英九：「覺得這個時候應該留在國內，把這個事情釐清，向外面做非常清楚的交代。」
在淚水跟自責中，馬英九總算拉近了跟民眾觀感的距離，而整個風波也已經留在他的從政紀錄裡。
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