馬英九發表當選感言後，總統府第一時間公開恭賀，對於這位新出爐的在野黨主席，府院黨也有高度期許，除了希望馬英九上任後，積極回應陳總統推動的朝野和解政黨合作，更期待延宕已久的政黨領袖高峰會能順利召開，大家一起坐下來共商國是。
勝負抵定後，蘇貞昌就立刻打電話給馬英九，對於新出爐的馬主席，蘇貞昌有恭喜也有期許。
民進黨主席蘇貞昌：「大家一起來為台灣的政黨政治做努力，做該做的事，符合人民的期待，希望不讓政府再空轉。」
王、馬對決，被解讀成是角逐國民黨2008總統大選的門票，不過，對執政的民進黨來說，誰能解開目前的朝野僵局，才是當務之急。
行政院長謝長廷：「現在我是行政院嘛，跟院長(立法院長)比較有互動，誰當主席都期待他拿出魄力，敢表決，敢負責任。」
馬英九的勝選，其實符合府院黨對這次選情的掌握，黨政高層認為，馬英九上任後，力求改革掃除黑金，將可以幫助國民黨改頭換面，執政黨樂見看到一個有監督力量的在野黨，也希望在一切歸零的氣氛下，朝野有重起對話的契機。
至於，在連戰時代就一直碰壁的政黨領袖高峰會，總統府雖然仍積極促成，不過，選舉後，泛藍內部需要整合，現階段可能還要再等一等。
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