除了暨南大學，獲得教育部卓越計畫補助8千萬的世新大學，也被質疑亂花錢，拿去給新生吃吃喝喝，不過校方否認這個指控，但卓越計畫補助，教育部一年撥款10億，卻規定半年要花完，也惹人非議。
被質疑亂花錢的還包含世新大學，九月初，校方用教育部補助的卓越計畫經費，總共花200萬辦迎新活動，甚至一度傳出要拿錢請新生到圓山飯店用餐。
世新大學學務長詹昭能：「被解讀說我們帶同學去那邊吃大餐，這其實也是很大一個的冤枉，校長覺得，這會給大家一個錯誤的解讀，所以我們也從善如流，把這項計畫喊卡。」
校方後來取消圓山飯店的行程，但是一場迎新活動，免費帶學生參觀還有吃吃喝喝，雖然其中100多萬由校方支付，還是難免受到質疑。教育部長杜正勝：「會根據他們的計畫來加以追蹤，一些其他不必要的花費，不要再花了。」
教育部表示，世新大學迎新的花費和暨南大學買遊艇的錢，都在校方當初申請的卓越計畫項目中，至於錢花得是否必要，將列為重點查核項目。
不過教育部一年補助13所大學10億元的經費，又規定在半年內花完，學者質疑部分學校根本趕著花錢，是不是真的能提升教學品質，主管機關必須更嚴格的把關檢驗。
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