在氣象局發布莫拉克颱風的陸上颱風警報之後，國防部也立刻成立防颱中心，國防部要求國軍各部隊，完成各項防颱措施，完成救災兵力編組及救災物資準備，如果各地方政府有救災需要，國軍部隊將隨時待命支援民間救援任務。
