大陸女子偷渡來台事件，政府依往例，由海基會傳真通知大陸海協會，甚至希望此事能重開兩會協商大門，不過大陸海協會透過新聞稿的方式，要求台灣民間團體提供協助，不僅從頭到尾不提海基會，還對陳總統批評大陸的言論還擊。
海基會在事發後，立即將獲救生還的大陸偷渡女子名單，以最速件的方式傳真給大陸海協會，海協會接受TVBS查詢時也證實收到海基會的傳真，也已將名單資料轉相關省市政府查證，不過大陸國台辦經過沙盤推演後，發布的新聞稿卻指稱，海峽兩岸關係協會27日致函台灣「海峽兩岸人民服務中心」和「海峽兩岸聯合經貿協會」，並請其「速告台灣有關方面，繼續全力搜救失蹤人員，妥善安置救治獲救人員，迅速查處犯罪分子，並請提供有關偵訊情況及犯罪線索，以利共圖打擊犯罪。」
新聞稿不僅隻字未提海基會，還針對陳總統指大陸女子偷渡事件，北京當局應負責的說法提出反駁，新聞稿說：「令人憤慨的是，在這嚴重殘害人命的犯罪行為面前，台灣當局領導人不僅不予譴責，反而散佈荒唐論調，這是極不人道的。」顯示大陸方面，不僅對總統的批評予以還擊，內部研商之後，也決定這次事件繞過海基會，向其他台灣民間團體尋求協助，大陸方面還是堅持，在一個中國問題沒有解決之前，海協會不會和海基會有任何形式的接觸。
