計程車衝撞總統府，讓當時在裡頭辦公的陳水扁總統，相當的驚訝，不過，陳總統還是依照既定行程，趕往雲林視察萬安演習，還在媒體的詢問下表示，他的安全沒有問題，這起衝撞事件，由於在短時間內予以處置，因此，並沒有啟動國安機制。
坐上改裝成觀禮台的軍車，陳總統按照原定計畫，到麥寮視察萬安演習，並沒有受到計程車衝撞總統府事件影響，只是視察的途中，週遭的隨扈，多了幾分警戒，車輛管制也相當嚴謹，演習途中，所有觀禮人員，都規定不能下車。總統陳水扁：「(記者：有沒有受到驚嚇？)，安啦，沒事啦。」
衝撞事件發生時，駐守總統府一號門憲兵，在第一時間擋下計程車，總統府考量這只是單一事件，同時，即時處置，因此，並沒有啟動國安機制，只提升了總統府周邊的戒備。黃志芳：「總統對大家第一時間的表現十分嘉許，不影響總統的行程。」
陳總統當時在哪，黃志芳不願證實，不過據TVBS了解，當時陳總統是在府內辦公，沒有看到新聞現場轉播，總統府遭到衝撞的消息，是侍衛長通報的，陳總統聞訊後說了句「那ㄟ安吶」，隨即指示妥善處理，只是總統副總統從總統府出發到松山機場搭機的時間，也因此延誤。
這次計程車衝撞的地點，與陳總統座車的備車處相當的接近，不管是嫌犯精心安排，還是巧合，博愛特區的安全，又浮上檯面。
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