創校十年的佛光大學，因為校長龔鵬程在今年四月舉辦內蒙週，在校內大烤羊肉，還在學術研討會中，介紹如何滿足世俗慾望的論文，讓信徒相當不滿，向校方抗議，龔鵬程因此下台，不過，龔鵬程強調，一切都是為了學術，也希望信徒能夠接受。
佛光大學為了讓師生了解不同民族的文化，在今年4月30號舉辦了內蒙週，不過，看起來美味的羊肉出現在佛光大學裡，可讓捐款建校的信徒，心�很不好受，但是讓信徒更不能接受的是，校長龔鵬程竟然還發表了一篇「慾以正菩提」，讓信徒氣得連署，希望撤換校長，不過龔鵬程強調這一切只為了學術。佛光大學榮譽校長龔鵬程：「這是一個在學術會議上的論文，那為什麼不可以呢？對不對，沒有任何理由說不可以。何況我們一部份的信徒他不太了解，佛教並不是完全都禁慾的，譬如說你看，我們只有漢傳佛教才吃素嘛，其他全世界，像剛剛講的蒙古、西藏，他們也是佛教啊，但他們是吃牛、羊肉的。」
信徒激烈地反彈，龔鵬程為了解決紛爭，只好自動請辭。不過只為了認知不同，逼得他離開一手創辦的佛光大學，龔鵬程的心裡很無奈。佛光大學榮譽校長龔鵬程：「大學是一個讓自由思想能夠在這裡面發芽、生長的地方，不然我們就不需要辦大學啊，對不對？那假如連我們在大學裡面都沒有辦法讓大學有自由學術，在這裡面發芽、生長的機會，請問我們社會上還有什麼地方，提供這樣的機會給這樣的思想呢？」
雖然不當校長，龔鵬程還是留在學校，以榮譽校長的身分教文學、協助校務，同時校方也緊急聘請前體委會主委趙麗雲來暫時代理。教育部長黃榮村：「但是我們覺得這裡面程序不周全，裡面譬如說教師代表的比率啊，還有在投票的時候有效人數的算法，這個部分在程序上，我們都已經發文。」
教育部希望校方趕緊修改遴選辦法，好讓在未來只剩下法定時間四個月裡，選出新的校長。
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