日本和台灣的歷史情結，經常有人會到台北市的日本交流協會去抗議，協會不堪其擾，因此決定從原先安和敦化的舊址，搬到兄弟飯店附近，新大樓獨立寬敞，過去激情抗議場面，也就不再出現了。
日本交流協會負責簽發台灣民眾前往日本經商以及觀光簽證，並且協助兩國之間的文化、體育等各項往來，但由於日本和台灣在歷史上有著複雜的糾葛，導致日本交流協會經常有團體前往抗議。
這棟大樓座落在敦化南路上，外觀雄偉、交通便利，一層樓的面積達760坪，當時交流會只租了一層半樓，每個月的租金就高達300多萬元，不過高昂的租金並不是協會搬家的主因。
2001年的7月19日，當時的台北縣議員金介壽抗議漁船被日本扣留，直接衝到協會舊址潑墨水，現場一片混亂，為了改善安全的問題，日本交流協會決定搬到現在位在慶城街上的新大樓。
這棟十三層樓的建築，其中大部分都屬於協會使用，進出民眾單純，容易管制，還有駐衛警和保全人員負責安全。上個月的918瀋陽事變，就有團體來抗議，保六總隊的駐警就把大樓圍得水洩不通。
日本交流協會副秘書長松村敏夫︰「保六警察就把前面都封了，旁邊也是，後面的巷子也就都擋住。」
代表外國的代表處就是台灣民眾的窗口，更寬敞、安全的館址，將提供民眾更完善的服務。
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