兩岸關係也為選戰焦點，國民黨主席連戰在造勢晚會中說，他不像陳總統去過大陸，還和五星旗照過像，與大陸當局關係曖昧連戰呼籲對岸，一定要有所節制，千萬別當陳水扁的助選員。
連戰澄清自己絕對不是大陸的同路人，他在黨慶的晚會上，公開反駁，還說陳總統才跟對岸走的近。國民黨主席連戰︰「有的人和阿扁的關係非常曖昧，非常曖昧，我是不曾去過北京，我沒也站在五星旗前照相，嘻嘻哈哈，我也不曾站在中共阿共的坦克車前照相嘻哈，我也不曾站在五星旗前照相，很高興的樣子，我不曾做過這種事。」
連宋更要大陸當局別幫陳總統拉票。國民黨主席連戰︰「不能說連戰沒做這種事，所以選舉時要(中共)替我對手助選，什麼叫做利用，那是說到時必要四不一沒有，也能丟棄拋棄，來製造陳總統是否能當選，我在這誠懇奉告，誠懇提醒陳總統，靠自己啦，不要想靠阿共當選，這樣好不好，好！」
連戰強調了這麼多就是要和對岸劃清界線，他更說推動公投絕不能和危險畫上等號，現在連戰更要國親展開連署，要公投入憲，更要推動公投的海運直航。國民黨主席連戰︰「在這要拜託民進黨，大家共同努力，替台灣人民努力，共同推動公投入憲，要民進黨拿香跟著拜！」
要摘吊頭上的紅帽子，連戰罕見的向對岸喊話，而要反制民進黨主張的公投，連戰現在是要想辦法跑在執政黨前面。
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