中華民國有史以來首部公投法已經誕生，立法院在國親多數的優勢下，全面主導審查過程，出爐的公投法對於備受爭議的統獨公投，不加限制，未來公投限定在修憲性質，同時也可以和總統大選同步舉辦。
公投法對決，國親全面主導，引起泛綠立委痛批！爭議性的條文，經過30多次的表決，最後幾乎都是通過國親版本，泛綠大罵國親是推鳥籠公投，主要是因為最後拍板定案的條文，雖然對敏感的「統獨公投」不設限，但是將公投限定在「修憲」性質。
同時，在行政院下設置審議委員會，任何公投項目都必須經過委員會這道安全閥門，另外還限制行政機關不得發動公投，違者處罰行政機關首長6個月以上、3年以下有期徒刑。
雖然泛綠陣營節節敗退，但民進黨主張公投和總統大選同步舉行，以及總統在國家安全遭到威脅時，得以發動防禦性公投，這兩項主張，最後在國民黨鬆手的情況下，順利過關。另外，公投提案是採取雙門檻制，提案必須超過最近一次總統大選選舉人總數的千分之一，連署必須超過百分之五。
整個公投表決，蔡同榮的統獨公投條文只有14人贊成，絕大多數民進黨立委都棄權，國親一路過關斬將，在立法院長王金平的斡旋之下，挾著無黨聯盟的奧援，以115對96票的人數優勢，一路領先，主導了公投法審議過程。
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