繼美國之後，日本政府也在昨天透過日本交流協會，對台灣公投議題表達立場。包括朝日新聞、讀賣新聞等日本各媒體在內，也都刊登了這項訊息。報導中並指出，日台雙方並無邦交，而日本透過外交管道表達希望陳總統遵守「四不一沒有」的立場，極其罕見。
朝日新聞以「新憲法引發兩岸關係緊張、日對台表示憂慮」為題，指出日本交流協會台北事務所所長內田勝久，在29號正式向總統府秘書長邱義仁傳達日方對公投的關注。
文中提到，日本政府主張兩岸應該恢復對話，為了維持台海和平以及穩定區域安全，日方也希望陳總統能夠堅持「四不一沒有」原則，審慎處理防衛性公投與新憲議題。
此外報導中也指出，除了12個月上旬，美國總統布希對陳總統的言論表示關切，針對前首相森喜朗先前訪台，並且和陳總統等重量級人物會談，引發大陸反彈，也被視為是讓日方做出這項罕見舉動的背景原因之一。另外，讀賣新聞也報導，日方透過交流協會的駐台代表，直接向總統府表達關切，在雙方目前並無邦交的情況下，日本主動對台灣表達立場，十分罕見。
面對日方主動表達立場的態度，總統府方面也做出回應。總統府公共事務室主任黃志芳：「基本上日方是就我們國家推動公投新憲這些作法，是否會引起台海情勢緊張表達關切。那邱秘書長也明確回應，我們的公投新憲不涉及統獨，不違背四不一沒有，我想這些問題，也很清楚的答覆。」
由於日本與台灣並沒有邦交，加上現在正值年假期間，日本官方為何要在台灣選戰激烈之際，一反常態的指派專人傳達對台灣防衛性公投的關切？外界認為，日本政府的舉動，似乎不無向北京方面交代的意味存在。
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