泛藍執政縣市陸續提出區隔「公投投票」跟「總統投票」的規劃，今天行政院嚴厲重申立場，強調不管是台北市或是雲林苗栗提出的版本，通通都屬違法，如果地方政府照作，除了可能在行政上受免職處分，還可能觸犯刑責。
對於320總統大選加上公投，行政院重申只能一次領票，一次圈票的立場。行政院發言人林佳龍：「民眾可以只領選票，不領公投票也可以，或者只領公投票，不領選票，至於公投票因為有兩張，可以都領也可以只領1張，採一次領票圈票以及投票的程序來辦理，因此各地方選委會不得擅自變更。」
根據中選會所公佈的規劃，在同一個房間內，投開票所只有一個領票區，一個圈票區；但現在有不同的聲音，除了雲林苗栗主張隔開2個房間，台北市則是在同一個房間內，以屏風隔開公投票櫃跟總統票櫃，但行政院立場強硬。
行政院發言人林佳龍：「引用公務員服務法、懲戒法、考績法以及選罷法公投法，加以懲處，最重可免職還可以記過，如果涉及妨害選務，也涉及刑責，如果馬市長能夠稍早就能投入選務參與，不要去質疑公投違法，也不要提現行犯那些論點，就能有更多集思廣益的機會。」
而即使行政院已經宣示禁止作任何選務變更，台北市仍然強調，要等中選會討論決議後，再決定如何因應。這場戰火還沒結束。
