為了防範禽流感，農委會和衛生署首度訂出分級管理制度，總共分成四級，每個等級都有不同的因應措施，而目前台灣禽鳥類出現低病原性病毒，就屬於零級，如果一出現高病原性病毒，家禽市場將全部停止交易。
禽流感四級管理制度，分別是國內出現低病源性病毒為零壹級，一旦出現高病源性病毒則啟動零二級，家禽市場禁止交易，另外如果全世界一旦出現人畜共通傳染的案例將提高防疫警戒到A級，如果國內發現人傳人的新病毒將開啟B級防疫，如果不幸出現大流行則會進入C級最後防疫階段，ABC三級則由衛生署主導，不過，人類感染的應變措施，衛生署還在研擬當中。
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