花蓮縣選委會決定比照台北市，採總統選舉和公投分開，兩階段領投票，不過基層選務人員卻出現反彈聲浪，選務人員擔心開票時會引起暴動，在參加選務工作說明會時，選委會人員就和選務人員僵持不下。
縣選委會人員下鄉，對基層投開票工作人員解說注意事項，現場卻吵成一團。而這種兩階段式領投票，勢必要更多的選務人員進駐，以花蓮縣選委會而言，人力更顯窘迫。花蓮選委會一組長林美珠：「在人力上，我們目前沒有增加，以現有人力在做，應該還可以應付。」
另外對於總統選舉和公投，中選會採取兩種不同的認定標準，也就是總統選票從嚴認定有效無效，公投選票則准用公職人員選舉規定，從寬認定。選務人員也擔心，開票時會引起選民暴動。主任管理員：「兩種選票兩種標準，現在選務人員可以了解，向選務人員宣導教育，但是民眾沒有教育，民眾會說那個可以，這個就不行，就麻煩了，就會暴動。」
一場選舉兩種標準，基層選務人員大感為難。
