原本行政院堅持的「一次領圈票」被中選會推翻，改為台北市選委會的投票模式，這個大逆轉，也讓省選委會主委陳隆吉和苗栗選委會主委古鎮清打消辭意，此外，雲林縣有12位鄉鎮長為了顧及行政中立，同時辭去選務中心主任的職務。
苗栗縣選委會主委古鎮清，先前強烈抨擊行政院同時同地舉辦總統大選和公投，還因此萌生退意，經過中選會大逆轉的決定，讓苗栗選委會主委古鎮清決定不辭了。雲林縣選委會主委古鎮清：「個人沒有理由不回到工作崗位和所有工作夥伴一起努力完成這樣的任務。」
儘管如此，古鎮清還是堅持請監察院持續調查行政院，是否違反公投法第17條的規定。雲林縣選委會主委古鎮清：「違反公投法第17條第二項，排除第24條的適用，分別舉行投票和分開舉行選舉這樣的訴求，我們希望中央還是要重視，尤其是行政院。」
有人不辭，有人卻在這個時候集體想辭，雲林縣有12個鄉鎮長同時辭去選務中心主任的職務，引發外界猜測，他們是為了抵制公投。古坑鄉長謝淑亞：「像我自己本身，是古坑鄉連宋競選總部主委，我覺得公私要分明啊，所以這是很正常的事情。」
12位鄉鎮長都說是為了行政中立，雲林縣選委會表示，原則上還是會予以慰留。
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