距離大選剩下半個月，中研院長李遠哲發表教改萬言省思，其中首度強調，他所領軍的教改會從沒有提過九年一貫跟建構式數學，而這兩項措施，根本是在沒有充分討論跟準備，急就上路，跟教改會沒有直接關係，為什麼選在這個時候發表萬言書，李遠哲沒有說明。
揚揚灑灑1萬6千字的「教育省思」，道出了李遠哲對教改完整的觀察跟看法，李遠哲說，教改會並沒有做過建構式數學或是九年一貫課程的建議，而這兩項措施在沒有深思熟慮，沒有經過充分討論的情況下就匆匆上路，使得教改會也間接成為眾矢之的，對於李遠哲的說法跟批評，教育部也有話要說。
教育部次長吳明清：「教育部在當時規劃九年一貫課程，也不是說完全急就章，很多課程的專家組成小組分別從不同領域，也都有所規劃，任何人包括李院長對我們教育政策也好，或者是教育政策推動有所指教，基本上對我們教育同仁都是一種鞭策，也是一種反省。」
另外，李遠哲對於聯考也提出看法，他表示，在全面廢除不可得的情形下，希望可以發揮聯招的優點，向兩階段改良式聯招邁進，對於一綱多本的措施，李遠哲則是給予正面的評價，只是選在選前的敏感時間，李遠哲發布對教改的看法，儘管他不願對媒體多做說明，但動機也耐人尋味。
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