基測是否公平爭議還沒落幕，教育部再丟新的議題。從99學年度起，也就是今年升國一的學生，3年後國中基測將逐漸轉型為學生入學的入學門檻，不再是唯一標準；然而家長團體卻擔心，高中入學一旦加計在校成績，或是特殊表現，將淪為有錢人的教育，對弱勢家庭非常不利。
大家拚了3年，考出來的基測成績，未來將不再是升高中的唯一入學標準。教育部中教司司長陳益興：「有關基測轉型，在98年8月之後，逐步提高申請入學比例，降低國中基測所佔比重。」
配合12年國教的推行，未來基測成績只能當作門檻，大家跨過門檻後還要比在學成績和特殊才藝，家長團體擔心，這樣的變革對於經濟弱勢的家庭很不利。家長聯盟副理事長林文虎：「申請入學的加分合理嗎？申請入學過去被說是有錢人的入學管道，難道比較沒辦法的孩子就不用升學嗎？」
至於二次基測不考是否就吃虧，心測中心和中研院間的論戰，教育部重申公平性無虞，然而補習班裡擠滿最後衝刺的考生，原本表示不需要考二次基測的教育部，現在也改口尊重家長和考生的決定。
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