自然人憑證可線上申辦多項政府服務，但有民眾就認為，政府應該大家直接以雙證件綁定手機進行線上認證，而非花費250元和時間去辦理自然人憑證，甚至質疑「是不是圖利廠商啊？」掀起一票使用者共鳴，直呼「真的沒用」、「有到期日真的很麻煩」。
一名網友在「PTT」發文抱怨，自然人憑證辦理程序麻煩，應該讓民眾直接以雙證件綁定手機進行線上認證，不爽問「為什麼要拿250元給政府，還設定會過期得浪費時間重辦？是撈不夠錢嗎？還是圖利廠商？」
原PO直言，很多政府線上服務仍需綁定自然人憑證，也不全面改用健保卡取代，開酸「數位部還在出國研究點麵線是不是」？
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話題曝光後，不少使用者直言，「現在很多服務用健保卡也能認證了」、「那個憑證真的沒用」、「自然人憑證現在跟垃圾沒兩樣」、「辦了但完全不知道有什麼用途，笑爛」、「一堆政府線上服務要用這個，而且我們有納稅好嗎？為什麼過期後辦理要額外給政府錢？有到期日真的很麻煩」。
另也有內行說明「正常來說要整合到數位身分證中」、「憑證這種東西技術標準就是要有期限的」、「期限是法規憑證規定的更新期間，怕你這人早就沒了卻還可以一直用你的憑證來處理各項事務」。
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也有網友提到自然人憑證在某些領域仍有其必要性，「偏偏公文都還要用自然人憑證」、「公務員強制要使用，現在報關還是有用處的」。
事實上，內政部於6月時宣布擴大自然人憑證臨櫃申辦服務，民眾只需攜帶手機等行動裝置到全國24個戶政事務所，即可臨櫃申辦行動自然人憑證，此外，申辦費用也僅要30元。
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