疫情爆發期間，醫檢師站在第一線，冒險處理病患的PCR篩檢，不過卻有疑似醫檢師在PTT上發文，表示「衛福部醫院吞上千萬醫檢師獎金」，表示「衛福部立台北醫院和基隆醫院，有36位醫檢師被吞了2022年疫情高峰期辛苦執行檢疫的上千萬PCR獎勵金」。對此衛福部政務次長王必勝強調，「當初訂定的後，獎金本來就沒有說全部給醫檢師，都有依規定發放」。中華民國醫檢師公會全聯會秘書長林慶元也說，醫檢師獎金發放多少比例，每個醫院有自己的內規，會根據成本計算或規範有不同。
對此，衛福部政務次長王必勝回應，獎金都是依規定發放，沒有什麼侵吞，都是依照指揮中心規定發放，醫檢師部分，當初在訂定的時候，醫療應變組有訂說有獎金後會給相關人員，沒有說全部給醫檢師，全院的跟業務相關的人滿多的，都會發放下去，我想醫檢師都有如數領到他們該領的部分。如果走法律途徑，就依法辦理看法院怎麼裁示。
其實醫檢師指控獎金沒領到，過去也曾經發生過，台南市立醫院的醫檢師層集體控訴，同是南部醫檢師，有人領到破百萬，有人領到90萬，自己整天處理3、4百件篩檢報告，卻完全沒領到錢。不過當時院方回覆，不管是在職還是離職，檢驗科人員在疫情間，該拿到的獎金都有發放，對此衛生局也證實，衛福部都已經把PCR採檢獎金發給各醫院。
