疫情延燒超過兩年半、為了感謝醫護辛勞，指揮中心從防疫預算中撥出71.1億元，作為集檢所花費與醫護津貼，但部立南投醫院有醫護爆料，六月才收到去年中的防疫津貼三千元，這月初卻又收到疾管署公文被要求繳回。指揮中心發言人莊人祥也錄影說明，表示目前已經確定南投醫院照護確診病患為事實，防疫津貼不須繳回。
為醫院勞心勞力，去年被徵調到集檢所支援過了半年才領到防疫獎金，錢都還沒拿熱又收到公文要收回。
秀出公文主旨就寫到要追回110年5至7月支援草屯、中興集檢所，加發的一倍工作津貼，說明中則解釋有無法確認收住對象是確診個案所以撤銷，並請醫院協助追回已核發的一倍津貼。
以為政府體恤醫護到頭來卻是一場空，醫院員工很氣矛頭也指向，當初開出支票的前指揮官陳時中。
民進黨台北市長候選人陳時中：「我不知道跟衛福部問嘛，(跟部長換人有關係？)這我們不知道，沒有什麼換人關係。」
換了位置經手過的事，現在已記不清，疾管署總該清楚吧？
指揮中心發言人莊人祥：「(中興、草屯)兩所補件說明後，已獲本署理解認定，故無需繳回(加發防疫津貼)。」
防疫津貼無須繳回，據統計防疫預算1901億，集中檢疫場所與津貼為71.1億元占比約3.7%，但怎麼會鬧出烏龍，醫師工會說是程序問題。
台北市醫師職業工會醫師陳亮甫：「(中央收到申請後)會先發放八成金額，後面才開始慢慢進行審核，擔心這樣的狀況可能不會是唯一一起。」
有輿論壓力所以獎金發很快，衍生出不少問題據了解防疫津貼基準，醫師一天約一萬、護理人員每班一萬、放射人員每月一萬有時一單位只能申請一人，可能就需要平分甚至像某些科室，去年的獎金還沒領到。
台北市醫師職業工會醫師陳亮甫：「除了津貼被追繳之外，更多的是遲發的狀況，目前甚至有的津貼是拖了1年。」
疫情爆發醫護在前線沒有怨言，政府發津貼釋出善意，但做事也不該虎頭蛇尾。
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