好不容易疫情趨於延緩的腸病毒，沒想到在9月初，在彰化縣卻傳出第11起死亡案例，這名2歲半男童，拖7天後出現重症，跟以往的腸病毒相比，症狀並不典型，外界質疑是否因為腸病毒出現變異，但疾管局卻澄清是因為男童的體質，有可能和一般孩童不一樣，也強調腸病毒疫情要一直到10月，提醒家長注意。
進入9月開學期，許多家長本以為夏天發威的腸病毒疫情趨緩，但沒想到9月初，在彰化縣又傳出一名2歲半男童死於腸病毒。疾管局副局長林頂：「他是在上一波的流行，也就是在9月之前的，9月之後，我們並沒有觀察到(腸病毒)現象。」
疾管局表示，每年4到7月是腸病毒高峰期，到了9月開學季，又會出現另一小波，但9月開學至今，尚未傳出腸病毒重症通報個案，是歷年同期最低；而從4月開始狂飆的疫情，已經有352個重症病例，其中11例死亡，尤其是以中南部台南彰化居多。
而第11起死亡的男童，是屬於腸病毒71型，從8月26日發病，9月1日惡化，到4日死亡，比起併發重症只有5天，這名孩童竟在第7天才併發重症，醫生研判，有可能是體質和一般孩童不一。國泰小兒科醫師林隆煌：「如果說病人出院以後 ，有一些異常的行為，譬如說他可能精神活力變差，有嗜睡有跟平常不一樣的舉動，就要很小心，是不是還要回去醫院，做進一步觀察。」
醫生再三提醒，腸病毒疫情要到10月才會結束，這段期間多多洗手，還是自保的最好方法。
