兩岸開放直航，國內各機場班次變多，但全台機場防疫犬只有23隻，根本不夠，以檢疫犬數量最多的桃園機場來看，1天至少有200個飛機架次，15隻防疫犬，每隻每天最多檢查8個班次，還有65%的班次就無能為力，而小港只有4隻，台中機場1隻也沒有，讓人擔心防疫會出現漏洞。
看到可愛的檢疫犬出現東聞西聞，旅客都忍不住多看幾眼，不過這些為機場檢疫把關的檢疫犬，數量嚴重不足。動植物防疫檢驗局沈國三：「我們做一個比較合理適當的分配，針對我們認為風險高的班機，我們會偵測，這樣才會發揮檢疫犬的比較好的效益。」
目前全台合格執勤的檢疫犬有23隻但還是不夠，以檢疫犬最多的桃園機場為例，14隻檢疫犬，有4隻要檢驗貨運，另外11隻要負責客運班機，但桃園機場1天至少有200班次，1隻檢疫犬1天最多檢查8架次，算一算，每天都沒有休息的狀態下，起碼要有25隻才夠，換句話說，桃園機場有65%班次沒無法檢疫，至少還要14隻才行。
檢疫犬最多的桃園機場都這麼吃緊，小港機場只有4隻更是不夠，台中機場甚至沒有檢疫犬，實在誇張。沈國三：「以目前的組數，這樣是不可能的，應該也是按照牠們的排班方式。」
雖然主管單位表示，還有4隻檢疫犬已經開始實習，比起全台機場所需要的犬隻數量還是遠遠不足，加上兩岸開放直航後班次更多，要如何管制防疫漏洞，就看政府怎麼做。
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