疫情趨緩後，國內報復性旅遊大增，雖然刺激經濟，但對環境造成不小的衝擊。根據屏東政府委託學界調查發現，因觀光旅遊、島上廢水排放、全球極端氣候等因素，小琉球珊瑚覆蓋率及潮間帶受到重創，比墾丁還要嚴重，且近年的生物種類及數量銳減已達8成。
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參與研究計畫成員之一的海生館研究員樊同雲表示，小琉球環島沿海珊瑚覆蓋率2014年為50％，2020年降至20％左右，遊憩活動密集區更是低到10％以下，對比同樣受到「珊瑚大白化」影響，遊客一樣很多的墾丁國家公園，則是從50％降到30％左右，由此可見，小琉球「荒礁」情況相對嚴重。
樊同雲指出，觀光旅遊、島上廢水排放，以及近年極端氣候，對生態造成嚴重的衝擊，光是今年初長期的乾旱，到7月28日起，連續10幾天的大雨，造成島上潮間帶海水鹽度急速下降，海水急遽淡化，緊接著大退潮又急轉高溫的天氣，讓棘皮動物如海參、陽隧足、海膽，受不了環境劇烈變動，造成大量死亡的現象。
學者們提出四項建議，包括一、建立有科學基礎之管理措施，減少人為的繼續影響；二、改善島上排水系統，減少雨水及生活廢污水排入潮間帶；三、加強對敏感生物的研究，提出合適的保育做法；四、建立生態的「韌性」（Resilience），讓生態系統遭遇自然、人為干擾或創傷後，盡速恢復自我修復的能力；建議透過科學調查尋找適合的區域作為核心保育區或生物微避難所，增加棲地韌性。
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屏東縣府強調，已持續委託研究團隊針對小琉球潮間帶進行科學調查，並根據調查結果滾動調整相關管制措施，目前已規劃降低人為因素對環境衝擊，包括增設導覽線建置，也禁止每年4月1日至6月15日的繁殖期夜間導覽，及禁止寵物進入等，要發展小琉球成觀光與生態兼具的地區。
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