為了追查華航諾富特群聚案件，到底感染源從何而來，指揮中心進行了四天的環境採檢，包括公共區域和機師房間，一共採了432件結果全是陰性，但外界質疑採檢前如果消毒過，會不會讓結果失準，對此指揮中心說，5/1完成採檢，化學兵5/2才到內部消毒。
幾乎整間飯店都採檢了，432處當中，公共區域包括，大廳電腦區健身房，和會議室等39處，另外確診機師房間也採了103間，但外界質疑，飯店先前不是才進行過大消毒，會不會影響環境採檢結果。
這是國軍化學兵，5/2在諾富特飯店，從裡到外噴灑漂白水消毒的畫面，但指揮中心澄清，其實早在這之前，從4/28開始，就已經進行環境採檢，直到5/1才結束，其中諾富特4/29清空後，29日和30日兩天，採檢量達到最大，四天共採檢432件，而外界看到的5/2前的消毒畫面，只針對外觀和環境。。
疫情指揮中心指揮官陳時中：「環境的部分我們大概採的都滿細的，那每一間房間都有採都是陰性。」
四天到諾富特進行環境採檢的，是中央派出的防疫人員執行，但也有專家坦言，環境採檢要驗到陽性，沒那麼容易，就算有也不一定是環境傳的，無法輕易下結論。
台大兒童醫院院長黃立民：「環境採檢只是一個參考，因為環境太大了，你不太可能密集的，每個地方都採這個點，那所以環境有採的地方沒有病毒，當然代表這個地方是沒有病毒，那是不是整個環境都沒有病毒，這倒不一定。」
諾富特群聚，針對飯店進行地毯式採檢，指揮中心強調，每一間房都沒放過，雖然結果都是陰性，但感染源從何而來，也更令外界好奇。
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