新流感疫苗的安全性，悠關未來防疫，只是9月展開的人體實驗，並不包括孕婦在內，因此孕婦在施打上，會不會影響肚子裡的胎兒，婦產科醫學會也提出疑問；在這個時候，衛生署長卻又以提醒媒體，別用聳動標題報導的前提下，大膽「預測」未來施打新流感疫苗，一定會有人在打完後往生，他強調到時候可要靠專家來判定，是不是疫苗本身的問題，但這樣的發言，驚嚇尺度實在不小。
新流感疫苗人體實驗都還沒展開，安全性已經吵得沸沸揚揚。衛生署長楊志良：「人是脆弱的，我們今天沒辦法讓所有人，都可以永遠活下去，所以打疫苗的時候，有人就剛打完疫苗呢，可能就往生了，常常都會歸諸於疫苗。」
署長又驚人之語，連一旁坐著生產疫苗的研發長何美鄉，都有點錯愕，署長再解釋。楊志良：「不是…，我是說剛打完。」國光生技研發長何美鄉：「我知我知。」楊志良：「每次都有啊，小朋友也有啊，我們打完疫苗，所以這時候就是，第一個，專家要用嚴謹態度向民眾報告，但媒體也要幫忙，到時候不要放在第一個大標題，這樣大家都不去打疫苗了。」
何美鄉：「你要叫我批評我們署長？我是覺得風險評估是需要的，該面對的我們就面對吧！」
還記得2002年曾有一起，86歲老翁施打完季節性流感疫苗後死亡，2003年在彰化和雲林也各傳出一起，事後經過研判都排除是疫苗造成，署長如今是大膽「預測」，驚嚇尺度也不小；而且眼前孕婦該不該打？會不會傷害Baby？連婦產科醫學會都有疑問。
疾管局長郭旭崧：「(美國建議是)不管妳是即將要懷孕，懷孕前3個月、中3個月、後3個月，其實都應該要打季節性流感疫苗。」
雖然新流感疫苗的病毒株並不一樣，疾管局認為，為了防疫，孕婦是高危險群，應該要打，但民眾有自主權，人體實驗還沒出爐前，安全性誰也不敢定論。
