武漢肺炎疫情升高，傳出金門縣府宣布停止小三通，金門縣長楊鎮浯否認，他說這要由中央決策，也要經過兩岸協商，不過，中央疫情指揮中心也宣布，全面暫緩大陸民眾，以社會交流、就學或旅遊，經小三通到金馬澎離島，至於拿到已核發入台許可證的大陸民眾，將延遲來台。
金門縣長楊鎮浯：「地理的特殊性，所以鄉親對這個疫情，都產生了一些疑慮跟恐慌，甚至很關心小三通會不會停航，那麼這個部分我們再次重申，小三通停航是屬於中央的權責，同時必須經過兩岸的協商。」
停不停航還要再討論，不過移民署已先暫停小三通核發落地簽，全面暫緩大陸民眾，以社會交流藝文商務交流，就學以及旅遊，經過小三通到金馬澎離島，至於拿到已核發的入台許可證的大陸民眾，將延遲來台。
金門縣長楊鎮浯：「即將到的金門馬拉松，還有每年我們有兩千多位鄉親，到大陸春季進香的這個部分，全部都做了一個，延期或者取消的處理。」
和大陸地理位置關係，金門縣府不敢大意，將應變指揮機制，提升到2級開設，每年都舉辦的馬拉松進香活動也都緊急喊卡，減少人群聚集，避免不必要的傳染。
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因應武漢肺炎疫情，疾管署持續加強疫情監測與邊境管制措施，如有疑似症狀，請撥打：1922專線，或 0800-001922，並依指示配戴口罩儘速就醫，同時主動告知醫師旅遊史及接觸史，以利及時診斷及通報。
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