攸關雙北地區，600萬人口用水的翡翠水庫，近期因為「專管工程」跟「北宜直鐵」開發，備受關注，儘管台北市長柯文哲喊出，以環評數據為優先考量，但相關的工程施作，因為涉及水源保護區，在工時跟效益上，也掀起各方論戰。
北水處工程總隊總隊長范煥英：「這邊濁，然後這邊是乾淨的，這南勢溪的水，都會影響到兩個取水口，所以我們就想說，如果我們這裡能夠在北勢溪，在翡翠水庫的下游，能夠我們做一個專管，然後在颱風天的時候，就把水從這邊直接取。」
為了解決颱風來襲，原水濁度飆升問題，工程計畫讓管徑4.5公尺，長度2.8公里的水管主體，穿越山脈隧道，因為施工地點位於水質保護區，環評加上審查、規劃、施工等工期概估4年，目標2023年6月完工，考量水源區保育，不採用鑽炸工程。
北水處工程總隊總隊長范煥英：「一般在隧道裡面，為了它的這個效率，所以都會搭配就是鑽炸，我們為了讓地質的狀況影響最小，所以捨棄炸，其實4年是一個合理的工期，那我們現在全台北的97.5%的這個用水的原水來源是來自於新店溪，也就是南北勢溪這邊的水，那這當中的70%的水，其實我們平常水70%，是取自於南勢溪。」
專管引水，或許能為南勢溪濁度問題解套，但想要根本解決，還是還是得靠水土保持。
銘傳大學都防系系主任林文苑：「有一些可能是農業上的使用，有一些是這個，道路基礎工程上面，造成了整個坡地上的破壞，那可能就會造成了一些的崩塌，那這其實是長年的問題，繞過南勢溪過去，那這是一個治標的方式，那治本的方式其實應該還是要做好，南勢溪的水土保持。」
翡翠水庫集水區，另一項工程難題，就是北宜直鐵路線方案評估，因為交通部鐵路局拍板，將北宜直鐵通過翡翠水庫集水區，送交環評，對此，台北市長柯文哲，前後說法大不同。
準台北市長柯文哲(103/12/07)：「北宜直線鐵路，那個路線，我們雙方都有共識，應當是選擇速度最快的一條路線。」
台北市長柯文哲(7/25)：「我去宜蘭你知道，繞那個九彎十八拐，我還可以忍受，可是你給我一天不喝水我就抓狂。」
台北市長柯文哲(7/25)：「政治還是要務實你知道，是就是，不是就不是，應該拿出來一包討論。」
曾經喊出「最短路線的」台北市長柯文哲，現在強調環評是重中之重，但或許，北宜直鐵通過集水區，並非唯一選項。
警察大學交通系副教授李克聰：「因為我們現在已經有基隆輕軌，那基隆輕軌我們就可以增加，大概1個小時3班的，台鐵的運能到北迴這邊來，如果是北宜之間的問題，主要在運能不足，而不是在比較快捷，那這樣的話大部分的問題，應該就比較可以得到改善，所以效益的部分也不要去高估。」
從水質到交通，珍貴的水源區，都不該因為開發被破壞，怎麼讓相關的工程施作發揮最大效益，政府跨部門還需要更多評估。
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