攝取天然的發酵食品對身體健康有許多好處，促進腸胃道蠕動能力、幫助食物消化、提高免疫力、降低血脂血壓以及預防癌症等，可以透過吃味噌、納豆、德式酸菜、優格、優酪乳、天貝和起司等補充好菌。其中味噌在烹煮時要特別注意，如果溫度太高，反而會破壞味噌的酵素，口感也變苦。
胃腸肝膽科醫師錢政弘在臉書發文表示，想吃下好菌，食用時的溫度是一大關鍵，溫度超過45度，細菌的活性會明顯降低，65度以上持續30分鐘的加熱，會導致細菌數量大幅減少，所以若煮湯時一開始就加入味噌，好菌就會「死光光」。理想的做法是湯煮好之後先熄火，等溫度稍微冷卻下來，再加入味噌調味。烤魚也是同樣的道理，應該等到魚差不多烤好後，再抹上味噌添加風味，「原則就是不能讓味噌長時間加熱」。
對於味噌加熱過後就沒有營養的說法，錢政弘解釋，即使好菌因高溫而喪失，味噌仍然含有豐富的蛋白質、維生素B，維生素E，鎂、鋅，多元不飽和脂肪酸和異黃酮等成分，發酵過的豆製品也有抗氧化、降低膽固醇，預防肝癌、乳癌，幫助減重等好處。
味噌一向被認為是減醣料理瘦身食材，不過譚敦慈護理師曾在TVBS節目《健康2.0》中提醒，味噌鹽分含量高，容易在胃黏膜受損的情況下，提高罹患胃癌的風險，還是要適量才好。
