日本腦炎新疫苗，在5月底開打，但有家長抱怨，施打疫苗時間變來變去，造成困擾，到診所詢問，想要打新疫苗，卻遭到拒絕，醫師透漏因為衛生所只讓他們打舊疫苗，也質疑，難道是政府要清庫存嗎？對此，疾管署解釋是因為施打過第一跟第三劑的小朋友，要延續接種時程才會建議要打舊疫苗。
來到診所，想要幫小朋友打日本腦炎疫苗，想打新疫苗卻遭拒絕，被要求要打舊的，來到另一間診所想打新疫苗，醫師卻說，想打新疫苗醫師還得打電話確認，日本腦炎疫苗從5月22日開始打新劑，因為舊的要打4劑、新的只要打2劑，家長認為新的比較好。
家長：「就是先打新的啊，為什麼要把庫存的清掉，這樣子的話 我覺得大家應該都很反對啦，你不知道它後續，還有什麼樣子的一些療程什麼的，就很麻煩啊。」
有醫師透漏，新疫苗的免疫效果比舊疫苗還要好一點，質疑衛生所叫民眾打舊疫苗，難道是在清庫存？其他醫師說兩者確實有差。
小兒科醫師林應然：「新的疫苗它的免疫效果比較好，然後它副作用比較少，然後再加上它不需要打那麼多針。」
疾管署解釋，因為施打過第一跟第三劑的小朋友，要延續接種時程，才會建議打舊疫苗，其他小朋友的家長提出需求，也可以打新疫苗，至於舊疫苗還剩3到5萬支，預計可以用到年底。
疾管署副署長莊人祥：「因為是在銜接的時期啦，所以我們主要是讓這整個以民眾他這個疫苗接種的完整力為主要的考慮因素。」
但新舊疫苗施打時間不同，醫師得像這樣更改劃掉原本日期，五合一疫苗施打時間也變了3次卡介苗也從原本出生就要打，變成5個月才能打，家長抱怨施打時間一直換，造成困擾，日本腦炎新疫苗開打，後續衍生問題，也引發討論。
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