東奧開幕在即，隨著各國人馬陸續抵達日本，包括選手村內選手和東奧相關工作人員都傳出確診消息，東奧組委會表示截至20日止，東奧相關就有71人染疫，其中40人是本來就住在日本，31人是從海外抵日的選手或工作人員。東奧尚未開幕就面臨如此嚴峻事態，組委會秘書長武藤敏郎表示「不排除在最後一刻取消東奧的可能性」。
《路透社》盤點東奧確診人數，從6月20日開始率先抵達日本的烏干達選手團中教練在機場檢疫時發現確診；6月23日在大阪實施合宿練習的烏干達選手再度傳出染疫。
7月4日：划船競技項目的塞爾維亞選手團中1人在抵達羽田機場後檢疫呈陽性，當中4人作為密切接觸者立即隔離。
7月14日：俄羅斯女子橄欖球隊的工作人員染疫，其他隊伍成員進行2天隔離；難民代表團中的卡達隊員在當地染疫，因此整支隊伍延遲抵日時間；21人的南非橄欖球隊在搭機前往日本時機內出現染疫者，因此被列為密切接觸者，全員隔離。
7月15日：肯亞女子橄欖球隊選手8人在抵日被列為密切接觸者，原因同樣是機內出現染疫者；美國男籃隊員布萊德利·比爾（Bradley Beal）考量疫情退出東奧；14天檢疫期間選手1人、大會工作人員1名、東奧組委會職員4人染疫。
7月17日：東京晴海選手村內東奧相關人員首度發現染疫，到目前為止東奧相關人員累計15人確診。
7月18日：南非足球隊工作人員1人、選手2人染疫，其餘21人被判定為密切接觸者，22日將對上日本隊，比賽是否如期開打目前還是未知數。
7月20日：東奧相關者再新增9人確診，其中1人為國外選手並住在選手村內，1名為在日的東奧志工。
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