台大校長遴選爭議延燒3個多月，教育部最後決定已「未在參選過程揭露擔任台灣大哥大獨立董事」為由，「拔管」駁回管中閔當選結果，引發學術界反彈，也引發不少台大師生抗議。對此，內政部前部長、台大土木系教授李鴻源痛批，拔管案讓台灣法治精神被破壞殆盡，政府講獨董，但擔任獨董的人不是只有藍軍，綠軍也有一大堆，政府在這整件事情上，完全站不住腳。
據《聯合報》報導，李鴻源表示，台大遴選委員會根據遴選辦法，經過所有合法程序選出管中閔，教育部還派了三個代表在遴委會中，從頭到尾都沒意見，等發現選出來的不是自己人，就開始找各種「不是理由的理由」。一下是抄襲、一下是去大陸講學，「台灣只要稱得上一號人物的人，誰沒有去大陸講學？」本來應該是鼓勵的事情，怎麼突然變成是做壞事一樣。
李鴻源認為，政府講獨立董事是「雞蛋裡挑骨頭」，金管會所有規定都很清楚，聘獨立董事的都是上市上櫃公司，絕對不會有任何模糊空間，而且擔任獨董的人不是只有藍軍，綠軍也有一大堆，政府在這整件事情上，完全站不住腳。令人擔心的是整個法治精神被破壞掉，法律精神是無罪推論，但這一百多天來，教育部一直要管中閔證明他沒有罪，這是不對的。
李鴻源指出，台大一百多天來沒有校長，造成很大的傷害，重大人事案不能聘、重大預算案不能執行，不能執行的結果是錢要還給國家，台大國際排名一直往後掉，政府不協助我們，還抱著我們的腳，讓我們的時間空轉，「這是一個政府該幹的事情嗎？」
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