吳茂昆上任新教長不到10天，迅速駁回台大校長管中閔聘任案，引發各界譁然；吳茂昆在校長任內溢領經費170萬，兼任富慶董事，和侵占東華大學「綬草」專利逐一曝光，甚至「拔管」案演變成校園自主和民進黨政治介入的意識形態之爭，讓廣播名嘴黃光芹評論「派吳茂昆拔管，送自己進加護病房」。
外界質疑民進黨幕後主導「卡管」、「拔管」事件，原教育部長潘文忠承受不住壓力閃電請辭，盼所有政治操作就此停止，提醒各界理性思考，讓台大校長遴選紛爭有重新釐清機會。
行政院長賴清德指出，潘文忠請辭是為大學遴選劃出一道標準，結果「卡管」新標準卡到民進黨，包括內政部長葉俊榮曾赴大陸浙江大學擔任「兼任教授」，吳茂昆也被爆到大陸多所大學講課，更擔任中國科學院高能物理研究所顧問、及中國高等科學技術中心顧問委員會委員，甚至賴清德到上海復旦大學座談也被波及。
吳茂昆「拔管」後，台大師生抗議政府傷害「大學自主」，發起「新五四運動」，要求政治黑手退出校園，抗議風潮蔓延到清華、成大等學校；民進黨「卡管」、「拔管」雙重標準，對民進黨年底選情大傷，民進黨新北市參選人蘇貞昌感受選情危急，語重心長表示「台大校長爭議事件對台大很傷」盼事件盡快落幕，讓廣播名嘴黃光芹評論這一連串事件「派吳茂昆拔管，送自己進加護病房」。
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