教育部長吳茂昆上任後引發不少爭議，擁有8萬中小學教師會員的全國教師工會總聯合會及有6萬教師會員的全國教育產業總工會均要求吳茂昆下台，全教總更發起「不接受、不忍受、不配合」運動，動員所有會員拒絕執行教育部下達的指令。
全教總理事長張旭政昨(30日)指出，這3個月多來因為台大校長遴選爭議，社會陷入分歧對立，台大校長遴選爭議可以留給公眾繼續對話，但檢視吳茂昆歷來爭議和上任後的言行，顯然已經不適合繼續擔任教育部長。
「為了教育的長遠發展，也為了孩子的未來」全教總要求府院對錯誤任用吳茂昆並引起紛擾向全國人民道歉，並要求教育部長吳茂昆即日起下台，否則將提出「不接受、不忍受、不配合」等三不運動，以表達對吳茂昆的不信任和對教育的擔憂。
全教產理事長黃耀南則擔心下週起舉行的國立高中職校長遴選，如果吳茂昆繼續擔任教育部長，恐會讓政治黑手伸進來，那會是教育不幸。
高教方面，公立大學校院協進會、私立大學校院協進會、台灣大學系統（台大、台師大及台科大）均已發表聲明，在管中閔人事上教育部已傷害大學自主，要求政治退出校園運作。
對此教育部長吳茂昆回應，他是否適合擔任教育部長，要看怎麼去認定，對於全教總的質疑和擔憂，他也願意和他們進行面對面溝通。不過據《中時》報導，不管是高教或國教的人均出來反吳茂昆，這是台灣教育史上首度出現的「教育不服從」現象。
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