行政院晚間公布新任教育部長人選，由前東華大學校長、現任中研院院士吳茂昆接任，但過去吳茂昆曾被質疑在東華校長任內，「假借職權」溢領教師獎助金掏空校務基金等黑箱作業。
據《自由時報》報導，全國教師工會總聯合會及多名東華大學教師，2014年曾抗議吳茂昆在東華校長任內，1個人吞食近10分之1的教師獎金，讓自己的年薪接近5百萬元，比行政院長還多，掏空校務基金。另外，全教聯也指控吳茂昆包庇親信違法兼職，教師升等、主管遴選也由少數人黑箱操控。
時任東華大學主秘劉瑩三表示，吳茂昆有諾貝爾獎被提名人資格，在任職該校校長前就已延聘為講座教授，獎勵金5萬元，加上前校長黃文樞任內訂出的頂尖人才獎勵金每月25萬元。從吳就任校長後，發給頂尖人才獎勵金25萬元，但扣除講座教授獎勵金5萬元，加總仍為25萬元，並未溢領。另依監察院調查報告，吳茂昆101、102年年新分別為450、464萬元，只佔校務基金0.1886%、0.1921%，沒有掏空校產這麼嚴重。
吳茂昆當時則表示，願意主動向學校審查單位申請撤銷「講座教授」身份，強調薪資是經過正當程序核定，若多數同仁認為他坐領高薪，與同仁搶食獎勵金，甚至造成校務基金的沉重負擔，願意立即辭去校長一職。
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