馬英九獲判無罪，承審法官蔡守訓正好是審理國務機要費的法官，而他在判決書中，還引用查黑中心檢察官陳瑞仁，偵辦國務機要費的起訴書內容；審判長認為，查黑中心同時偵辦2案，就資金流向部分，陳瑞仁在國務機要費中機密費中，沒有特別調查領據核銷的資金流向，所以侯寬仁偵辦特別費的流向，也應該遵守這個原則。
明明是馬英九的判決書，但這一頁卻出現吳淑珍3個字，原來審判長蔡守訓同時接手兩大案，把同樣來自查黑中心，偵辦國務機要費的起訴內容比較一番。
法官認為，馬英九被指控貪污，出在只要領據核銷的特別費流入自己的帳戶，但法官參照陳瑞仁偵辦國務機要費案，領據核銷的部分採從寬認定，錢都用在該用的地方不查資金流向，只查發票內容，所以侯寬仁應該遵守相同原則。
法官也認為，總統長久以來，沒有編列類似特別費的補助款項，所以慣例上，把國務機要費視同特別費處理，這樣一來，會不會影響國務機要費審理。
律師顧立雄：「我們應該有機會拿到判決書，拿到判決書再看看嘛，我們看看這個判決書所講的論點，我們如果能拿來引用的話，我想基於同一庭，見解也不能互相牴觸的情形來看，我們如果對於我們的判決，如果能引用的話，對於我們的案子可以引用的話，我們會拿來引用嘛。」
馬英九辯護律師宋耀明：「特別費到底它的客觀屬性為何？檢方對偵辦這樣子的案件，是不是應該有統一的見解？還有這個案子過程當中，有一些程序上，值得加以檢討的地方，我覺得在判決過後，都還是要再想一想。」
判決書還提到，用現金領取特別費或是國務機要費的機密費，可以調查家庭成員之銀行帳戶往來明細，如果沒有相對應的款項存入就不需要追查，而且檢方應該遵守原則。
特別費就是給首長使用，尊重會計和審計單位的監督，司法儘量不該干涉，但馬英九獲判無罪，是不是有利吳淑珍未來將有答案。
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