本土疫情爆發，澎湖、金門、馬祖縣政府近日宣布將針對入境民眾全面篩檢，拒不配合者，將裁罰三千元到一萬五千元罰鍰。對此，中央流行疫情指揮中心表示，此舉違反了傳染病防治法第17條第1項及第37條第3項等相關規定，在中央流行疫情指揮中心成立期間，應依照指揮中心指揮官的指示辦理，已由衛生福利部依行政程序法第117條規定予以撤銷其公告。
連江縣政府5月31日、澎湖縣、金門縣政府6月1日逕為公告入境旅客接受COVID-19抗原快篩一事，中央流行疫情指揮中心1日表示，此舉違反「傳染病防治法」第17條第1項及第37條第3項等相關法律規定，已由衛生福利部依行政程序法第117條規定予以撤銷其公告。
指揮中心指出，已於今年5月17日函請各地方政府，於嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心成立期間，務請遵循傳染病防治法相關規定程序公布防疫措施，若有需依「傳染病防治法」第37條第1項規定採行相關防疫措施，仍請地方政府遵循「傳染病防治法」第37條第3項規定，應依指揮官指示辦理，以利整體防疫業務之執行。
依「傳染病防治法」第5條第1項第1款第1目之規定，是屬中央主管機關權責，地方政府應依中央主管機關之決策，始得據以執行，為權限分際的原則問題。指揮中心表示，值此疫情嚴峻時刻，對國內跨縣市移動採取人員進出之管制作為，或要求民眾強制篩檢等，均屬全國一致性之重要政策。
陳時中之前就再三強調防疫原則，是中央與地方應「標準一致、說法一致、腳步一致」，且已建立全國疫情會議機制統合協調，為避免各自為政，致生雜沓混亂影響整體防疫，須統一事權並維護法制，不得不撤銷上開違法公告。該等縣政府如仍有地方防疫之特殊需求，請正式提出計畫報請指揮官指示辦理，以符合權責並完備法律程序。
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