華航風暴延燒近一個月，機組員縮短檢疫被外界認為，雙標造成最大破口，指揮中心記者會上，多次被問到，是否更改檢疫時間到14天或者停飛，陳時中曾回答，若改為14天檢疫，會讓華航關門，被質疑政策大轉彎，華航內部地勤更痛批，防疫政策一改再改，對人力調配很困難，痛批「將帥無能、累死三軍」。
疫情指揮中心指揮官 陳時中 (5/4指揮中心)：「如果大家覺得絕對安全，就到14天去了，但如果14天，我們大概華航就關了。」
疫情指揮中心指揮官 陳時中(5/10指揮中心)：「我們做這樣的決定是痛苦的，但因為我們看到，可能華航有多重的傳播鏈。」
華航事件從4月20日開始燒，兩名機師確診，4月26日變成10人，被問到是否考慮停飛，陳時中曾說 如果一天增加10幾人，才會考慮其他措施，接著確診數幾乎每天增加，5月4日確診數已經達到28人，更有多起家庭群聚，陳時中記者會上 斬釘截鐵講，居檢改14天會讓華航關門，工會就曾要求趕緊改政策，直到5月10日才公布，短短6天 政策大轉彎。
緊急宣布新的，清零計畫2.0，最高標嚴格處理，有華航內勤透露，指揮中心的防疫規範天天在改，痛批將帥無能 累死三軍，讓內部人力調配有很大困難。
相較年初的部桃，華航諾富特事件，從4月20日爆發，20天來陸續發病加上回溯採檢，已經累積35人確診，部桃群聚則是44天內，最終21人確診，其中有3起家庭群聚，但華航事件還沒落幕，這次對指揮中心來說，又是更嚴峻挑戰。
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