黃芳彥在美身亡，他的陳年往事再被掀起，甚至他的醫師好友也在臉書爆料，說馬政府時期的前國安會秘書長蘇起，曾經想用美牛交換黃芳彥回台，引來蘇起跳腳，駁斥根本是黃芳彥在美國的想像，也嗆這種說法太骯髒！
為好友黃芳彥叫屈，會背著罪滯留美國，都是馬政府的陰謀，醫師好友，也是陳水扁民間醫療小組成員陳昭姿，也是這樣覺得！
前立委邱毅(2016)：「給錢的人雖然是黃芳彥，但是那個錢其實就是陳水扁的，而收受這個錢的人，據證人所述是蔡英文。」
時任民進黨總統候選人蔡英文(2016)：「這個就是沒有根據的說法，就是亂說啦。」
台北市長柯文哲：「他台大醫生他麻醉科我們外科，怎麼會不認識，一定認識的，他的事蹟不是在醫界，他以前是扁家的醫生。」
2002年SARS期間，有人更說他抗煞有功！
因為獨排眾議，用最高規格處理，當時「疑似」染煞的曹姓婦人，才沒讓新光醫院院內爆發感染，前總統陳水扁也在臉書說，當年和平醫院封院，黃芳彥來報告，封院是錯的，還建議召開國安會議，如今黃芳彥身亡，再掀陳年往事，褒貶都有！
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