4月公費流感疫苗預訂截止，疾管署跟去年叫的數量，差不多都是600萬劑，但醫界認為，政府沒有把新冠肺炎，在秋冬捲土重來納入考量，甚至衛服部長陳時中，還在開打當天示範接種，導致民眾一窩蜂搶打疫苗，因此台大19日二度停止接種公費疫苗，北市衛生局也決定，從20日起，只提供聯醫附設12區院外門診部每日配發100劑，持續到疫苗用完為止。
流感疫苗合約院所近320家，所剩疫苗已無法依原則供貨，北市衛生局宣布20號起集中配發，聯醫附設12區院外門診每日100劑，50到64歲暫緩施打後，八大醫學中心每天自費需求增一成，導致三總疫苗缺短台大採預約制，醫院自費疫苗庫存只剩一半。
北醫胸腔內科主任周百謙：「這次少訂但是因為大家的恐慌心理，一些首次施打族首打族的出現，都使得忽然之間，流感疫苗供不應求。」
專家認為，全世界都在搶流感疫苗，要追加恐怕很難，醫界普遍認為疫苗總量跟去年叫一樣，有檢討空間但不應該像這樣。
衛福部長陳時中，顯然錯估形勢，鼓勵大家接種沒做好分流，事實上每年公費疫苗數量大致都抓600萬劑，跟去年同期相比，開打15天以來，今年破330萬劑，2019年只有264萬多劑，甚至去年叫的量，到今年2月還有剩，但疫苗之亂引發民怨，行政院長蘇貞昌再向民眾道歉。
行政院長蘇貞昌：「因為當初沒有先把這個分配，這個次序節奏弄好，這一點確實我們在做法上，比較沒有周到，實在很對不起。」
道歉止血但據綠營人士透漏，50到64歲暫緩施打，是15日這通電話，公衛專家出身的高雄市長陳其邁，打給蘇貞昌，坦言中央施打不分流，地方壓力大，17日政策才急轉彎，真有此事嗎，陳其邁回得含蓄。
高雄市長陳其邁：「中央是經過專家會議做的一個決定，那我們高雄市一開始就一直在做宣導，優先這四大高風險族群優先。」
加上19日國內新增5例境外，國外疫情依舊嚴峻，但沒將新冠肺炎恐在秋冬捲土重來納入考量，前疾管局長蘇益仁說，早在4、5月就曾經呼籲政府，要再追加，因為民眾有恐慌心理是能預知的未來。
蘇益仁也坦言，萬一疾管署叫的疫苗打不完，容易被監察院盯上，政府的兩難，這場疫苗之亂最後人民承擔。
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