防疫作戰卻出現中央地方不同步，雲林率先禁用廚餘養豬，行政院長賴清德批評，會衍生如何處理廚餘的新問題，認為防疫工作沒有在中央統一步驟下，地方各自為政，防疫工作會事倍功半。
行政院長賴清德：「否則如果貿然在今天就禁止廚餘養豬的話，然後其他縣市跟進的話，那我們廚餘馬上出現問題。」
賴清德批評雲林，地方政府自作主張，沒有接受農委會的防疫步調，怕會衍生新的問題。
行政院長賴清德：「地方政府做地方政府的，中央政府沒有辦法指揮全台灣，各縣市政府來共同防疫的話，我相信我們會事倍功半。」
雲林率全國之先，禁用廚餘餵豬，閣揆沒有稱讚卻是批評，張麗善聽了，隔空喊話。
雲林縣長張麗善：「賴院長，防疫是不能等的，我們是刻不容緩，趕快有積極作為，而且要提高到國安層級，那等到底要等多久？」
養豬最大縣不能等，12月22日總統蔡英文前往雲林虎尾視察廚餘處理廠，就說禁止廚餘養豬，同時讓養豬產業升級，要農委會盡快制定辦法。
總統蔡英文(2018.12.22)：「我們最終還是用飼料養豬，而不是用廚餘養豬，但是我們還是要考慮到產業現狀，尤其是我們的廚餘，將來要如何去做更有效的運用。」
農委會統計，全台2045場廚餘養豬場，其中67沒有合格設備，優先輔導轉型，未來走向用飼料養豬，但是廚餘的處理，還沒有配套措施，不敢貿然禁止。
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