台灣反核食公投案通過，日本外務大臣先前曾表示，台灣恐會因此難加入跨太平洋夥伴全面進步協定(CPTPP)，而日本方面也有意向世界貿易組織(WTO)提訴。對此，我國駐日代表謝長廷表示，現階段就是盡力溝通，不希望此事影響台日關係，他表示若台灣輸了，就是違背WTO的規則，日後甚麼案子對台灣不理，要人家挺我們恐怕會比較困難。
謝長廷昨(12日)與駐日台灣媒體茶敘時，再度提及有關進口日本食品公投案的影響，他表示除了一些幸災樂禍、蓄意盼台日關係變壞的言論外，大多的文章都是持憂心的看法，尤其有國際眼光的、有世界貿易組織(WTO)經驗、對國際政治比較關心的人，都較為擔心台灣日後在WTO或要加入國際社會組織，會不會因此被定位為沒遵守規則、貿易自由度的問題。
謝長廷指出，台灣舉行公投前，日本內閣官房長官曾說過台灣有資格加入CPTPP，因為台灣的自由貿易度高，各種條件也都符合CPTPP的高水準要求。
至於謝長廷日前向國人呼籲，不要去講一些刺激(日本)的話，此話一出，就被網友諷刺「根本是助日代表」，謝長廷坦言其實沒什麼好怕的，他是在為台日關係擔心，尤其中國大陸最近對日本的讓步，包括不提慰安婦問題，且也逐漸對日本開放，台灣會不會等於處境相反，因此惡性循環、互相刺激，變成台日關係緊張，這是他比較擔憂的地方。
此外，日方日前表示不排除向WTO控訴台灣，被問到有何看法時，謝長廷透露，有一名WTO專家分析「台灣會輸」，謝長廷指出若台灣輸了，就是違背WTO的規則，「違反規則又不執行的話，這會讓反對台灣的人多了很多藉口」，謝長廷認為「如果以後有什麼案子對台灣不利，希望人家挺我們就會比較困難」。
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